به همین خاطر است که می‌بینیم شیوه‌های دعوتش با یک‌دیگر اختلافات فراوانی دارد. قرآن حجّت‌ها و دلایل گوناگونی را به کار گرفته است تا تمامی گروه‌های مختلف را در بر بگیرد. (و به راستی ما در این قرآن از هرگونه مثلی برای مردم آشکار و روشن ساخته ایم).

و آیات علمی در قرآن برخی از این استدلال‌ها هستند که انسانی را که دلش کاملاً آرام ومطمئن نمی‌شود مگر از راه دانش و تجربه، مخاطب قرار می‌دهند.

و اینک به بعضی از این آیات توجّه کن:

تاریکی‌های دریا

(یا مانند تاریکی‌هایی در دریایی ژرف است که موجی آن را می‌پوشاند  ]و[ روی آن موجی ]دیگر[ است... تاریکی‌هایی است که روی همدیگر قرار گرفته اند.)

قرآن درباره‌پدیده‌ی تاریکی دریا به گونه‌ی شگفت‌انگیزی به ما خبر داده است و این موضوعی است که کشف نشده مگر در قرن اخیر.

در حقیقت انسان در گذشته قادر نبود که بیشتر از بیست متر در دریا غواصی کند (به زیر آب برود) ... و در آنجا تاریکی نبود .

اما هم اینک او (انسان) در اعماق دریا به کمک تجهیزات جدید بیشتر از دویست متر به خوبی غوّاصی می‌کند و در آن جا تاریکی شدیدی می‌یابیم...

آیه شکلی دیگر از دریا را به ما می‌دهد (نشان می‌دهد) و آن طبقات مختلف از تاریکی است که هر از دیگری تاریک‌تر هستند.

اکتشافات جدید ثابت کرده‌اند که پرتو نور از هفت رنگ تشکیل می‌شود (به‌وجود می‌آید). و رنگ سرخ اوّلین رنگی است که در دریا مخفی و محو می‌شود، یعنی، اگر غوّاصی بشدّت مجروح گردد و خون از او جاری شود، خونش جز به رنگ سیاه مشاهده نمی‌شود .

پادمادّه

وهر رنگی که مخفی و پنهان می‌شود (محو می‌گردد) بخشی از تاریکی را به‌وجود می‌آورد و آخرین رنگ‌ها همان رنگ کبود (آبی) است که در عمق دویست‌متری پنهان می‌گردد و از آن جا ]به بعد[ تاریکی مطلق است.

 (و از هر چیزی دو گونه (نر و ماده) آفریدیم، امید است که متذکّر شوید)

خداوند انسان را آفرید و از او جفت نر و ماده قرار داد (همانا ما شما را از مرد و زنی آفریدیم) و این دستگاه ]آفرینش[ به انسان بسنده نکرد (محدود نشد) بلکه عالم گیاهان را در برگرفت (و از هر گونه میوه‌‌ای در آن، دو جُفت قرار داد)

علاوه بر آن در آیه‌ی بعدی شمول و گستردگی بیشتری می‌بینیم (و از هر چیزی جفت آفریدیم) و کلمه‌ی "شی‌ء" بر جامد نیز دلالت می‌کند! پس آیا در جمادات نیز زوج (نر و ماده) وجود دارد؟!

و در سالیان اخیر دانشمندان فیزیک کشف کرده‌اند که الکترون زمانی که پیرامون هسته‌ی ماده می‌چرخد، گویی آن جا جسم کوچک نا شناس دیگری هست که باری را حمل می‌کند که مخالف بار الکترون است و "پادِ ماده" نامیده شده (نامیده می‌شود) پس دانشمندان نتیجه گرفتند که هر جسمی ضدّی دارد.

همانا فیزیک‌دان مسلمان- محمّد عبد السَّلام- برنده‌ی جایزه نوبل در فیزیک و کسی که پژوهش‌های مهمّی در موضوع پادمادّه ها  انجام داده است، بعد از دستیابی‌اش به جایزه بیانات شگفت‌آوری را اظهار کرده‌است، در آن‌جا که به آیه‌ی قرآنی اشاره می‌کند (و از هر چیزی دو گونه "نر و ماده" آفریدیم ...) که این آیه همانند احساسی پنهانی و الهامی قوی برای او در خلال پژوهش‌هایش درباره‌ی پادِ مادّه‌ها بوده است.

در حقیقت ورود این حقایق بزرگ و دقیق بر زبان انسانی درس نخوانده که در محیطی بی‌فرهنگ زندگی کرده است، دلیلی است که او آن‌ها را از کسی که راز آسمان‌ها و زمین را می‌داند،‌فرا گرفته است (بگو کسی که راز آسمان‌ها و زمین را می‌داند،‌آن را فرو فرستاد . . . )